По окончании РГГУ с 1992 по 2017 работал в Министерстве культуры Российской Федерации и других федеральных органах исполнительной власти более 25 лет, большинство из которых — на руководящих должностях в структурных подразделениях, осуществляющих полномочия в сфере охраны культурного наследия. В 2017–2019 работал в Московском архитектурном институте, Институте археологии Российской академии наук. С 6 мая 2019 года возглавил Федеральное государственное учреждение науки Архив Российской академии наук.
Заслуги А. В. Работкевича отмечены многочисленными государственными и ведомственными наградами, в числе которых нагрудный знак «За вклад в российскую культуру» — высшая ведомственная награда в сфере культуры.