В феврале 1993 года Игнатьев был назначен первым заместителем председателя Российской государственной телерадиовещательной компании «Останкино» и руководителем ее администрации. В декабре 1993 года был избран депутатом Государственной Думы РФ первого созыва по спискам движения «Выбор России». В ней Игнатьев являлся председателем подкомитета по телевидению и радиовещанию. Параллельно возглавлял исполком московского отделения партии «Демократический выбор России». 5 апреля 1995 года прекратил свои депутатские обязанности в связи с назначением на должность первого заместителя генерального директора Общероссийской телекомпании ЗАО «ОРТ» по программной политике и развитию, затем — директор по экономике и финансам. В декабре 2000 года ушел с канала.
С 1999 года является председателем совета директоров группы компаний «Русские инвестиции». С 2012 года — член Попечительского совета Ивановского отделения Русского географического общества. С 2013 года — сопредседатель Экспертного совета при Правительстве Ивановской области. Коллекционер, спонсор и участник торгов приобретения архива А. Тарковского на аукционе Sothebys. Издатель газеты «Плесские ведомости». Автор значительного числа публикаций на тему макроэкономики, футурологии и истории искусства. Участник соревнований по играм «Что? Где? Когда?», «Гениум», спортивные нарды, Президент Федерации спортивных нард России. С мая 2019 года является членом экспертного Совета Агентства стратегических инициатив (АСИ).
