С 2002 по 2007 год совмещал должности директора Гете-Института в Каире и регионального директора по Северной Африке и Ближнему Востоку. Впоследствии, с 2007 по 2012 год занимал пост директора Гете-Института в Москве и регионального директора по Восточной Европе и Центральной Азии.
Фокус работы Йоханнеса Эберта — не только развитие европейского сотрудничества и интеграции, но и более активное участие в кризисных регионах и странах, переживающих радикальные изменения, например, в Украине, Северной Африке и на Ближнем Востоке. Особенно привержен поддержке беженцев в рамках культурных и образовательных проектов в странах-соседях Сирии и в Германии. Кроме того, в течение многих лет выступает за расширение цифровых предложений в зарубежной культурной и образовательной политике, за обсуждение глобальной повестки в Германии и постоянное расширение всемирной сети Гете-Институтов.
